四百年前的九月十日，利瑪竇進入中國，定居肇慶。他當時非常謹慎，不願意招惹中國官吏和社會人士的忌諱。他聽說外國人在中國能夠定居，除元朝和西方通商，有西方的商人外，只有唐代的景教教士，和歷代的西域佛教僧人。佛教僧人從漢末到唐末，陸續來到中國，定居各省的寺廟，社會人士和官吏都不以為怪。當時稱他們為番僧：包括印度，錫蘭和于闐等國人。利瑪竇使自稱番僧，身著袈裟。不過從唐末到明末已經過了九百年，番僧己經不再來中國，忽然又有兩位番僧出現，確實是一件稀奇的事，當時肇慶的人，都爭相來看稀奇的外國人。來看稀奇，利瑪竇倒也不怕，他為了適應這種好奇心，便把西洋的鐘錶、西洋鏡和輿地圖都掛出來，供來看稀奇的人盡量看稀奇；他所避諱的，祗是不要引起中國人的猜疑。
番僧來中國不足引起猜疑；因為這是歷史上長久以來有過的事。利瑪竇在肇慶所建的住宅，知府王泮稱之為「僊花寺」，宅內的中堂定名「西來淨土」。這兩個名字都是佛教名詞，知府王泮也按僧人的身分接待利瑪竇。後來總督劉齋節允許利瑪竇遷居韶州，先派他到南華寺居住，寺人僧人也僧人禮接待。
利氏到了韶州，遇到瞿太素，太素為儒家學者，看到利子著袈裟，自稱番僧，實在和他的身分不相稱，和社會人士相接觸也不方便，尤其不能進入學者士子的文化界，便勸他改穿儒服，自稱泰西儒士，利子當時己經在中國十一年了，先後研究中國經書，也認識了中國的風俗習慣，知道番僧屬於佛教，佛教有自己的教義和教規，和他自己所屬的天主教，天主教有自己的教義和教規，兩者不能相混，他應該表白身分，儒家則不是宗教，儒家所信上帝，又和天主教所信天主相同。利子便改著儒服。
利子在韶州時己開始寫「天主實義」，到了南京，在萬曆二十四年（一五九六年）脫稿，請友人修改，書中有好幾處辯駁佛教，辯駁的機會是在南京發生的；但是辯駁的思想，必定在韶州已經成熟了。
到了南京，利子交遊很廣，南京大理寺卿李汝禎信奉佛教，邀利子到家和當時金陸名僧三淮法師相見，頓起辯論。席散後，南京傳說辯論的激烈，三淮法師作天四說，利子作答。佛教居士虞德園也作書與利子作辯，利子以長信答覆。後來李之藻編「天學初函」，把這些信收在辯學遺牘裡1.。他定居北京後，徐光啟和李之藻領洗入教，楊廷筠也在杭州受洗，佛教居士和法師乃作書指斥，徐光啟便寫了「闢妄」一書2.。佛門虞山北澗普仁撰闢妄闢略說。楊廷筠也刻印了「天釋明辯」一書。萬曆三十一年（一六O三年） 利子所著「天主實義」3.出版，流傳很廣，書中卷上卷下，都有辯駁佛教的篇節。天啟末年或崇順初年，佛門鐘始聲著「闢邪集」4.反駁天主教邪教。雍正年間耶穌會士馮秉正刻「盛世堯」一書5.，書中一章辯異端，多指駁佛教教義。
佛教在明朝初期受太祖和武宗的保護。世宗則發揚道教，佛教勢力漸衰。到了明末，祇有禪宗和淨土宗尚在學術界稍有影響力。和利子辯論的和尚名叫三淮，三淮或寫為三懷或三槐，也稱為雪浪法師，俗姓黃，名洪恩，生於江蘇上元，於杭州雲棲寺為僧，號蓮池大師，和寧波天童寺的圓悟法師，同為當時著名的和尚。同時，在北京有達觀法師和憨山法師，很受官中嬪妃的崇敬。達觀俗姓沈，名真可，江蘇句曲人。憨山俗姓蔡，名澄印。他們的居士朋友黃輝，官至傳讀學士，理學焦竑和李贄，都用文字反駁利子的天主實義。從這些資料看出，當時利子和佛教的爭論範圍很廣6.。然而在內容方面，我們可以綜合為三點：第一點關於天主的辯論，第二點關於空和心的辯論，第三點關於輪迴的辯論。

一、關於天主的辯論
佛教不信有最高的神，祗信有真如。按照天臺宗和華嚴宗，也按照禪宗的哲理，真如為一絕對的實有，可以稱為佛，然不稱為神。天臺宗、華嚴宗和禪宗都稱為佛教的大乘圓教，主張事理相融。事即宇宙萬有，理即宇宙萬有的本性真如，萬有真如的外在表現，兩者相合為一。明朝王陽明倡「一體之仁」 仁是生命，宇宙萬有和人，在生命上結成一體。明末的李贄為王陽明學派的最疏狂的一派，和佛教禪宗相混。當時這些佛教學者，聽見利子宣講天主為宇宙萬物的創造者，為最高的神，便群起辯駁。利子在天主實義第四篇，標題為「辯解鬼神及人魂異論而解天下萬物，不可謂之一體。」便是答辯他們的思想。
「中士曰：謂人之神魂死後散泯者，以神為氣耳。氣散有速漸之殊；如人不得其死，其氣尚聚，久而漸泯，鄭伯有是也。又曰：陰陽二氣為物之體，而無所不在，天地之間無一物非陰陽，則無一物非鬼神也。如尊教謂鬼神及人魂，如此則與吾常所聞無大異焉。
西士說：以氣為鬼神靈魂者，紊物類之寔名者也。……中庸謂體物而不可遺，以辭迎其意，可也。蓋仲尼之意謂鬼神體物，其德之盛耳，非謂鬼神即是非物也。且鬼神在物，與魂神在人大異焉。魂神在人為其內本分，與人形為一體，故人以是能論理，而列於靈才之類。 彼鬼神在物，如長年在船，非船之本分者，與船分為二物，而各列於各類。....
中士曰：雖吾國有謂鳥獸之性同乎人，但鳥獸性偏而人得其全，雖謂鳥獸有靈，然其靈微渺，人則得其靈之廣大也，是以其類異也。
西士曰：夫正偏小大，不足以別類，僅別同類之等耳。……不宣以似為真，以由外來者為內本。....
中士曰：雖云天地萬物共一氣，然物之貌像不同，以是各分其類。如見身只是軀殼，軀殼內外莫非天地陰陽之氣，氣以造物，物以類異。....
西士曰：設徒以像分物，非分物之類者也，是別像之類者耳，像因非其物者也。以像分物，不以性分物，則犬之性猶牛之性，牛之性猶人之性歟？……....
中士曰：吾古之儒者，明察天地萬物，本性皆善，俱有宏理，不可更易，以為物有臣微，其性一體。則曰天主上帝即在各物之內，而與物為一。……....
西士曰：茲語之謬比前所聞愈甚，曷敢合之乎！吾不敢以此簡吾上帝之尊也。....
中士曰：佛氏無遜於上帝也，其尊人身，尊人德有可敢也。上帝之德固厚，而吾人亦具有至德；上帝固具無量能，而吾人心亦能應萬事。....
西士曰：佛氏本知己，奚知天主？彼以明明躬受明于天主，偶蓄一材，飭一行，矜誇傲睨，悚然比附于天主之尊，是豈貴吾人身，尊吾人德，乃適以賤人喪德耳。傲者，諸德之敵也。.....
中士曰：所云生天地之天主者與存養萬物天上之天主者，佛氏所云我也。古與今，上與下，我無間焉，蓋全一體也。....
西士曰：……夫曰天主與物同，或謂天主即是其物而外無他物，或謂其在物而為內分之一，或謂物為天主所使用，如械器為匠之所使用；此三言皆傷理者也，吾遂逐辯之也....」
關於萬物一體的思想，利瑪竇很怕陷於泛神論，乃極力辯駁。儒家的萬物一體，由於主張萬物同一氣，宋朝程、朱只主張「理一而殊」然絕對不主張皇天上帝和萬物為一體。佛教倡萬物一體說，本來就不信有神，祇是主張萬物都是真如的外在現象。這兩種學說在哲學方面都有缺點，但不是西洋方面的泛神論。
關於天主的辯論，還有一個名詞的問題。佛教的宇宙論按照俱舍論的思想，分為眾生世界，五陰世界，國土世界。眾生世界為生物的世間，五陰世界為感覺的世界，國土世界為有情者的世界，也稱器世界或色界，器世界即普通自然科學所稱的宇宙。器世界又分為天界、地界。天界為六欲天，六欲天為天王眾天，三十三天，夜摩摩天，賭史多天，樂變化天，他化自在天。在六欲天以上又有四靜慮處，前三靜慮處各有三種天，第四靜慮處則有八種天。地界世界即國土世界中的世界，在這世界中下有風輪，中有水輪，上有金輪。金輪以上有九大山， 妙高山王處中而住，八山週繞，山間有八海8.。佛教以每一種天有一主，稱為天主。俱舍論為小乘，大乘則議三千世界。蓮池法師相信利瑪竇所講的天主，等於佛教的天主，小而又小，怎麼能夠稱為最高神靈？
「彼雖崇事天主，而天之說實所未諳。按經以證。彼所稱天主者，利天王也。一四天下，三十三天之主也。此一四天下，從一數之，而至於千，名小千世界則有千天王矣。又從一小千數之，而復至於千，名中千世界，則有百萬天主矣。又從一中千數之，而復至於千，名大千世界，則有萬億天主矣。統此三千大世界者大梵天王是也。彼所稱最尊無上之天主，梵天視之，略似周天子視千八百諸侯也。
彼所知者萬一天主中之一耳。又言，....天主者無形無色無聲，則所謂天者，理而己矣，何以御臣民，施政令，行賞罰乎？」9.
這完全是蓮池法師沒有認識利子所講的教義，祇就「天主」的名詞說話。「天主」的名詞在佛教和道教的書裡是指一天之主，而佛教道教都以為有多數的天，所以有多數的天主。
利子就佛教的多天說，根據地理天文學多以駁辯：
「四天下，三十三天，其語頗有故，蓋今西國地理家分大地為五大洲。其中一洲，近強治年間始聞得之（哥倫布發現新大陸），以前無有，此於四洲。....此四天下之說所自來也。西國曆法家量度天行度數，分七政為七重，其上又有列宿、歲差、宗動、不動，五天，共十二重，即中曆九重之義。七政之中，又各自有同樞、不同樞、本輪等天。少者三重，多者五重， 總而計之，約三十餘重。待以璣衡推驗得之，非聖空白撰之說也。此三十三天之所自始也。至於.....三千大千之說，不知孰見之，孰數之？西國未聞，即西來士人曾遊五印度諸國者，其所勸化婆羅門種人入教甚眾， 亦不聞彼佛經中曾有是說，獨中國佛藏中有之，不知所本。以意度之，大都元代以來，譯文假托者，祖鄒衍大瀛海之說，而廣肆言之耳……然謂四天下，總一天主，尚可。謂三十三天各一天主，謬矣。至三千大千，則天主至眾，有如品庶，惟佛至尊，尚有大於此者乎！....謂天主無形無色無聲者，神也。神無所待而有，而萬物皆待之而有。故雖無形色聲，能為形色聲，又能為萬形萬色萬聲之主，曷謂不能御臣民，施政令，行賞罰乎？理者，虛物，待物而後有，謂天主為理，不可也。」10。
以科學作答，再就名詞的實義以「天主」乃宇宙萬世之主，則佛教的三千世界不成實世界。實際上， 三千世界為天臺宗的說法，乃宇宙萬物的多之象徵。

二、關於空和心的辯論
佛教的思想連貫在一個「空」字上。「萬法皆空，唯有真如」，這是中國佛教的結綸。佛教以一切都來自因綠，沒有本性本體。小乘以萬有來自我的幻覺，幻覺起自無明，無明的我來自十二因綠，因著十二因綠，乃有因果報應，我便輪迴不已。大乘的始教唯識宗以萬法自識，識則成於前生的種子。大乘終教則以萬法來自心，心的本性為佛性。大乘圓教華嚴宗和天臺宗以萬法來自真如，真如有本體和表象兩面，自己本體永恆不變，為絕對實有，表象則為外面的表現，即是宇宙萬有。人要明白萬法為空，自己認識自己本體為真如，乃入涅槃，和真如成為一體。
利瑪竇不願接受佛教的空無和心的觀念，在天主實義裡加以辯駁。
「中士曰：正道惟一耳，鳥用眾！然佛老之說，持之有故。凡物先空後實，先無後有，故以空無為物之厚，似也。
西士曰：上達以下學為基，天下以實有為貴，以虛無為賤富之乎！況己之所無，不得施之於物以為有，此理明也。」....13.
「中士曰：……世不達己心之妙，而曰心局身界之內。佛氏見其大，不肯自屈，則謂是身也與天地萬物咸蘊乎心。是心，無遠不逮，無高不升，無廣不括，無細不入，無堅不度。故具識根者，宜知方寸間儼居天主，非天主寧如是耶？
西士曰：佛氏未知己，奚知天主！....智者之心含天地，具萬物，非真天地萬物之體也，惟仰觀俯察，鑑其形而達其理，求其本而遂其用耳。....」13
按哲學常理說，從空無不能生有，普通我們說一件東西先沒有，後來有了；若是先已經有了，便不再有了，祗能變為無；所以是由空無而生有，由有而生無。然而這種說法，是假設在東西以外有一動因，可以使沒有的東西而成為有。假使整個宇宙的根源為空無，怎麼可以生有呢？老子所說的無，本不是無，而是絕對的有。佛教所說的空無，並不是由無生有，而是以一切的有為無，有乃是人的愚眛所生幻覺，利子沒有注意到這一點，祇由普通的空無的觀念去辯駁。
佛教所講的心，有真心，有假心。一般人所講的心是假心，即是我們所體驗的心。假心沒有本體，沒有本性，祇是真心的表現。真心則是真如，為假心的本體本性。然而假心是人的一切活動的中樞，所以說「萬法惟心」。由假心而到真心，即是「明心見性」，自證「佛法」，而入涅槃。利子所攻擊的是「假心」。

三、關於輪迴的辯論
佛教在中國民間的信仰是輪迴說。人死後有「五趣」或「六道」，即五條路可以走：天、地獄、餓鬼、人、畜。這五條路都要經過輪迴轉生。輪迴由十二個因綠而成。十二因綠的聯繫，則是因果關係，中國民間的佛教信仰和宗教儀式，都集中在輪迴的信仰上。
利子在辯學遺牘和天主實義，對輪迴的信仰力加辯駁，又對戒殺，燒紙錢，卜命等事，視為異端。辯學遺牘收有蓮池法師的四說，四說的第二第四，講論迴和戒殺生。蓮池法師說：
「予曰：梵綱止是深戒殺生，故發此論，意謂恆沙劫來，生生受生，生生必有父母，安知彼非宿世父母乎？蓋恐其或已父母，非決其必已父母也。復次.... ，彼書杜撰不根之語，未易悉舉，如謂人死，其魂常在，無輪迴者。既魂常在，禹湯文武可不一誡訓於於桀紂幽厲乎？先秦漢唐宋諸君，何不一致罰於斯高莽操李楊秦蔡之流乎？既無輪迴，叔子何能託前生為某家子，明道何能憶宿世之藏母錢乎？羊哀化虎，鄧艾為牛，如斯之類，班班載於儒書，不一而是，彼皆未知，何怪其言之舛也。
辯曰：按實義第五篇正輪迴天道之誣，略有六端。今所辯一切有生，皆宿生父母云者，是其第六，則前五端皆屈服無辭，必可知矣。.....今辯曰：蓋恐其或己父母，非謂其決己父母也。夫恐其或然，則不宜殺之，不謂其決然，則可得而婚娶之，役使之，騎乘之，於理安乎？」13.
佛教戒殺，以禽獸可能為父母親人的輪迴投胎。利子反問婚娶不是有危險與父母通婚嗎？騎驢驅牛不是有危險役使父母親人嗎？蓮池答說殺人事大，婚姻和役使事小，殺生而有危險殺父母，絕對不可；婚娶和役使有危險涉及父母的輪迴，然不可因有危險而絕對不婚娶不役使牛馬。利子反說既有危險對父母不孝，當然應該避免，若絕對不能避免，則是沒有這種危險即是沒有輪迴。輪迴之說在希臘古代哲學家中畢達哥拉（閉他臥刺）的思想中曾有過，「既沒之後，門人少嗣其詞者。彼時此語忽漏國外，以身毒。釋民圖立新門，承此輪迴。」14.利子辯駁輪迴，舉出六種論證：第一，輪迴使物性混亂。第二，最初的人和禽獸不是輪迴，今則輸迴，今天的人和各種禽獸和最初的人和禽獸，在魂魄上都不同了，「則今之禽獸魂與古之禽獸魂異，當必今之靈而古之蠢；然吾未聞有異也。」15.第三，哲學以魂分為生魂、覺魂、靈魂三品輪迴別使三品魂紊亂了。第四，人的體熊和禽獸不同，人的魂和禽獸的魂一定也不同，怎樣可以輪迴呢？第五，人惡而變為獸，人不改惡而反變本加厲，不是懲罰，而是縱慾。第六，即是前面所講殺生和婚娶的事。利子的答辯，都按哲學的方法，運用哲學的論證。在中國的學術史上，還算是空前的事。後來繼續和佛教辯論的學者有徐光啟的闢妄和楊廷筠的天釋明辯。關於這兩冊書中所講的事，因為這篇演講已經太長，不能詳述。

 四、結語
李之藻編天學初函，收集辯學遺牘，在集後曾作短短的「識語」：「蓮池棄儒歸釋，虞德國潛心梵典，皆為東南佛者所宗。」16.兩人和利子往來書牘辯論，沒有得到結論，就都歸天了。「悲天！ 假令天假之緣，得以唔言一室，研義送難，各暢所謂。彼素懷趨曠，究到水窮源盡處，必不肯封所聞識，自錮本領。更可使微言奧旨，大豁群蒙，而惜乎其不可得也。」17. 這是李之藻的一片好心。
利子和佛教法師和居士的辯論，兩方都沒有能夠深入，虞德國詆毀利子沒有多讀佛書，利子反譏他沒有多讀天主教書籍；當時的情形實在是這樣：利子剛到南京和北京不久，天主教的書籍也不過是利子的「畸人十篇」和「天主實義」，而佛教流行社會的書籍也並不多。利子為肯定天主教的形態，為建立信友的信仰，不能不以「適儒排佛」為標準。後來中國的教會使常走在這條路上；而且變本加厲，把儒家的祭天祭孔和佛教的「異端」相混，一併禁絕。在一個廣大而佛教信仰深的中國，天主教乃保全了自己信仰的純潔。

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